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高效過濾器的應用范圍主要是電子、半導體、精密機械、制藥、醫院、食品等行業中對潔凈要求較高的醫藥、民用或工業潔凈場所的末端過濾。
由于高效過濾器一般作為過濾末端，因此，對高效過濾器的各項要求也最為嚴格，當然則需要額外“關照”。
首先，我們要提醒客戶，要延長高效過濾器的使用壽命，最根本也是最簡單的辦法是將灰塵擋在預過濾器外面。也就是說，保證高效過濾器接觸到的氣流是經過預過濾器、粗效過濾器、中效過濾器過濾之后的空氣。這時的空氣，應該達到99。95%的塵粒較小、污染較低的標準。
這里需要說明的是，更換預過濾器一般無須停產或停止其他正常的工作計劃和安排。安裝后無須調試即可保證空調新風設備的正常運行。所以有經驗的客戶會把注意力用在預過濾器上。對于10000級和100000級潔凈廠房或手術室等高度潔凈區域，預過濾可選用F8過濾（比色法95%）。這樣，末端高效過濾器的使用壽命一般可達到5年。在國外項目中和國內新建項目中。F8過濾器是非均勻流潔凈室最常見的預過濾器。對于芯片廠100級、10級或更高級別的潔凈廠房，預過濾器的常見效率級別為H10（MPPS85%），許多新建項目索性選用HEPA（對0。37m粒子的過濾效率≥99。97%）。在國內過去的潔凈室空調系統設計中，過濾器的常見配置為：粗效→中效→高效。那時末端高效過濾器的使用壽命僅為1-3年，最差的也就幾個月。可見，預過濾效率高低決定末端過濾器使用壽命。
有些場合，對高效過濾器使用的規定不是出于對阻力的考慮，而是其它因素，若廠房中有氫氟酸，而車間空調又不是全新風系統，高效過濾器的玻璃纖維濾紙就會受到回風的腐蝕。為了安全，必須定期更換高效過濾器。目前，國內部分三級甲等醫院和制藥廠，每年雨季過后都會主動更換高效過濾器，主要目的就是防止過濾器上有任何可能的霉菌污染。有些國家三級甲等醫院、制藥廠的生物實驗室和與危險品打交道的實驗室，在開展一項新的生要課題前，為了保證安全可靠，都會使用新的高效過濾器。
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